En su conjunto, las universidades públicas tienen déficit anual porque gastan más de lo que ingresan. No obstante, según mis informaciones, su deuda es nula. Al final de cada ejercicio, no deben dinero a nadie. El motivo principal es que cobran por adelantado los proyectos de investigación de sus profesores. Así, financian el déficit acumulado a lo largo de diversos años. Por ejemplo, la Universidad de Barcelona, además de disponer de liquidez en diversos bancos, financia a la Generalitat con 54 millones, que es el importe que aquella le debe de los dos últimos ejercicios.
Más detalles: http://ccaa.elpais.com/ccaa/2013/01/19/catalunya/1358624852_314134.html